То что определено в глобальной области видимости минификация не искажает.
А то что внутри вам особо не должно быть нужно, все равно вызвать не сможете из вне.
Для всего остального есть другие решения.
Так что вы что-то делаете неправильно изначально.
В целом никогда не видел чтобы можно было где-то исключать конкретные функции из минификации, только файлы целиком.
Если речь про последнюю версию laravel mix/webpack, то смотреть сюда
https://github.com/webpack-contrib/terser-webpack-...
Так как там не babel вообще отвечает за минификацию. (babel вообще про другое если что)
