В общем сделал так: в src/js завел две папочки: minify и normal - в последнюю кинул файлы (в которые поместил нужные функции), не требующие минификации
webpack.mix.js
.js('src/js/minify/*.js', 'js/scripts.compiled.js')
.combine(['js/scripts.compiled.js', 'src/js/normal/*.js'], 'js/scripts.js')
