Михаил

Очень помогают сиквенс диаграммы: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%B8%D0%B0%D...

По поводу классов - на самом деле не особо важно какой язык используется. Для описания работы приложения его в вашем случае можно разбить на сущности, которые хранят данные и отправляют друг другу сообщения. Первое (данные) - это диаграммы классов, второе (отправка сообщений) - сиквенс диаграммы. Мы используем для этого RSA (https://ru.wikipedia.org/wiki/Rational_Software_Ar... причем он даже может какой-то код генерить из диаграмм (сам я не пробовал). Но он слишком энтерпрайзен, думаю есть что-то попроще.

Немного не понял вопроса. Если просто хранить в поле хэш, то есть serialize:

class User < ActiveRecord::Base
  serialize :preferences
end

user = User.create(:preferences => { "background" => "black", "display" => large })
User.find(user.id).preferences # => { "background" => "black", "display" => large }