Мое мнение — они все сделали так, чтобы в этом либо никто не разобрался, либо единицы, потратив кучу времени на гадание на кофейной гуще.

Все-таки продажи 1С-Битрикс куда важнее, чем дела программистов-конкурентов.

Тоже взбесила эта проблема, для себя даже подумал о какойто технической проблеме в коммуникации apache и моего скрипта.

В итоге забил и запустил через mod_php — работает стабильно.