Горький опыт - тоже опыт. Сноси, так как сервер, можно сказать, потерян. Всю настройку ты в любом случае будешь делать через консоль, а значит сможешь все команды разбить на несколько .sh файлов. А это на порядки ускоряет все процессы по настройке.
А что, кроме ssh на сереве еще и rdp делает?!
1) переопределить порт ssh
2) доступ по ключу
3) рута только через sudo
4) отключаем ненужные сервисы
5) всё в контейнеры, а доступ к ним через nginx или haproxy
6) фаерволл и закрываем исхолящие с сервера
Профит.
А разве у SSH нельзя поменять стандартный порт, чтоб при попытке авторизации /злоумышленник/ упирался в стену непонимания чего от него хотят и думая, что дверка закрыта, уходил прочь? Перебирать порты ведь не будут. Не будут же?
1) Переустановите сервер;
2) Разрешите доступ к серверу по ssh только по ключу.
Как найти бекдор на сервере Линукс?
100 %-го варика нет. Можно конечно еще один точно такой сервер создать. Взять с него список файлов (вместе с его хешем) и сравнить со списком зараженного. Но оно того не стоит, лучше переустановите.