Тимофей

include как бы намекает, что можно вставлять куски конфигов из отдельных файлов. Создаешь файл с тем, что нужно, и просто пишешь include my-awsome-config-file.

Так просто привязывай смело эти домены к серверу через управление DNS у DigitalOcean. Потом уже в настройках Apache (или Nginx, что у тебя там на фронте) привязываешь домены к соответствующей папке на сервере.
Вроде тут никаких сложностей возникнуть не должно, да и сломать тут что-то тоже сложно.