Да, просто JOIN тут не поможет, необходимо группировать результаты, а поле с городом конкатенировать:
SELECT managers.Имя, managers.Номер_телефона, GROUP_CONCAT(cities.Город) as Город(а)
FROM managers
JOIN manager_cities USING(manager_id)
JOIN cities USING(kladr_id)
GROUP BY managers.manager_id
При использовании PDO::FETCH_CLASS в результате выборки создаётся новый объект указанного класса. Свойствам объекта будут присвоены значения столбцов, имена которых совпадут с именами свойств. При этом значения назначаются свойствам объекта ДО вызова конструктора. Если свойства с именами, соответствующими названиям столбцов, не существуют, они будут созданы автоматически (с областью видимости public).
Если ваши данные нуждаются в обязательной обработке сразу после их получения из базы данных, ее можно реализовать в конструкторе класса.
SELECT CASE <variable> WHEN <value> THEN <returnvalue>
WHEN <othervalue> THEN <returnthis>
ELSE <returndefaultcase>
END AS <newcolumnname>
FROM <table>
Необходимо создать файл (скрипт) , который будет в зависимости от параметров делать запрос к базе данных и выводить (возвращать) отфильтрованнданные данные, например, в json-формате или в виде готовой html-разметки.
А в вашем скрипте делать запрос к этому файлу с необходимыми параметрами, например, при помощи ajax и выводить данные вместо старых (неотфильтрованных)
