Алексей

num |= 0xF << (sizeof(num) * 8 - 4);

Циклом. Делаем выборку с помощью драйвера pdo\mysqli. После выборки записываем данные в массив fetch_assoc() в цикле while, и в нем же записываем данные в .txt с помощью file_put_contents.
Самый простой вариант для новичка.

потому что при таком запросе получается декартово произведение количества записей.

Есть чудесная команда explain, которая может показать сколько записей обрабатывается.

По идее должно быть равно произведению количества записей в каждой из таблиц.

Лучше сделать либо отдельными запросами, либо через union

Вы сделали умножение таблиц, получив очень большое число элементов. Вам нужно объединить выдачу через UNION.

SELECT SUM(cnt) FROM (
	SELECT COUNT(*) as cnt FROM users_data WHERE private='0'
	UNION
	SELECT COUNT(*) as cnt FROM deleted WHERE private='0'
	UNION
	SELECT COUNT(*) as cnt FROM mails WHERE private='0'
) u;

Как вы программируете вообще, если строка "detected 32bit Windows installation" не наталкивает вас на мысли.

Какая разрядность у вашей ОС и какой vagrant (32 или 64) вы поставили?

SELECT * FROM users_data WHERE owner=айди LIMIT 10,20 выведет с 10 по 20

LIMIT

LIMIT же
SELECT * FROM tbl LIMIT start, count;