у вас в коде
$('.nav.navbar-nav li a[href="' + window.location.pathname + '"]').parent().addClass('activenav');
при клике на ссылку во вложенном списке класс "activenav" будет добавляться к li, который содержит данную ссылку.
Если вам необходимо добавить класс "activenav" к li, который содержит вложенный список то надо видоизменить код следующим образом:
$('.nav.navbar-nav li li a[href="' + window.location.pathname + '"]').parents('.nav.navbar-nav > li').addClass('activenav');