Для тех, кто, как и я, долго искал ответа на этот вопрос:

1) COMODO все вам прислал в ZIP файле

2) В терминале "соединяем" три файла

cat COMODORSADomainValidationSecureServerCA.crt COMODORSAAddTrustCA.crt AddTrustExternalCARoot.crt  > domain.com.cer

3) В конфигурационном файле сайта в Apache вставляем

SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/apache2/ssl/domain.com.crt
SSLCertificateKeyFile /etc/apache2/ssl/domain.com.key
SSLCACertificateFile /etc/apache2/ssl/domain.com.cer

domain.com.crt - тоже из ZIP файла

4) Перезапускаем Apache
sudo service apache2 restart

5) смотрим на сайт, идем сюда https://www.sslshopper.com/ssl-checker.html вбиваем свой домен - все должно быть зеленым :)