Решение: после крайне внимательного обследования файла sphinx.conf, я нашел косяки в виде двойных слешей в путях
path = /var/lib/sphinxsearch/data//topicsIndex
wordforms = /var/lib/sphinxsearch/data//wordforms.txt
и убрал их
path = /var/lib/sphinxsearch/data/topicsIndex
wordforms = /var/lib/sphinxsearch/data/wordforms.txt
Выключил searchd. сделал полный индекс, запустил searchd и после этого на сайте всё заработало)
Если и так не заработает, то пробуйте менять файл конфига. Подходит обычно тот который идет в поставке с движком, главное правильно прописать в нем пути.