movchans ваша фраза (заголовок вопроса) просто выдает в вас неопытного разработчика который еще с базой не работал.
MongoDb помимо хранения json файлов (на самом деле внутри она хранит bson) предлагает опции масштабирования (можно поднимать несколько нодов одной базы) и командную строку запросов. Кроме того можно создавать индексы, по разным полям документа - это коробочная фича Mongo.
И я даже не знаю сколько у вас уйдет времени на то чтобы просто повторить этот функционал. Даже атомарная работа с документами. Если вы не опытный разработчик - то работая с файлами вы наделаете таких дел что ойойй. Я готов даже спорить на коньяк что наделаете. Интуиция такая вот.
По остальным пунктам что написал Roman Kitaev я полностью согласен.
