mortify

Если кому-то когда то понадобится ответ на подобный вопрос:

class DataClass #class or module
  include Mongoid::Document
  store_in collection: "ruby"
  embeds_many :data_methods
  field :class_name, type: String
end

class DataMethod
  include Mongoid::Document
  embedded_in :data_class
  field :method_name, type: String
  field :description, type: String
  #field :example_code, type: String
  #field :source_code, type: String
end

Мой большой промах был в том, что я запутался в понятиях после SQL баз.
ClassName образует collection, и уже collection нужно писать после db.collection.find()

Проблема была в том, что в строке puts methods.each {|n| puts " #{n.text}"} puts лишний. цикл в цикле, оттуда и нули.