Некропостну.
Тоже столкнулся с такой проблемой, покопался в скрипте запуска. Там есть поиск конфигов типа /etc/memcached_*.conf, но до этой части скрипта очередь не доходит, всё заканчивается на строчке
. /lib/lsb/init-functions
Если её закомментить, то всё начинает работать с несколькими конфигами.
