Олег Ди: На диске ИТС (и в интернете) есть обработка "Загрузка данных из табличного документа". С ее помощью можно переименовать элементы справочников в одной из баз. Нужно выгрузить их из обеих баз в Excel и объединить таблицы функцией ВПР.
Олег Ди: Можно настраивать обмен с имеющейся базой, нужно только проследить, чтобы справочники не задвоились (элементы должны называться одинаково), попробуйте на копии. Из склада и обратно выгружается определенный набор документов (у них будет отдельный префикс), ненужные можно отключить. Некоторые документы сами не проведутся, придется что-то дозаполнять, например счета учета.
Олег Ди: Есть две конфигурации - УТ10 и УТ11, отличающиеся платформой, интерфейсом и методикой учета. Типовой обмен настраивается с помощью пошагового мастера, справочники будут синхронизироваться по коду или наименованию.