Посмотри
SyncBack (есть Freeware-версия) — я в свое время использовал ее для синхронизации полезного софта на компе и флэшке (когда приходилось бегать с актуальным набором софта на флэшке), сейчас через нее периодически синхронизирую критическую инфу на внешний винт.
Кол-во настроек синхронизации имхо более, чем достаточное и одновременно достаточно понятно организовано.