Михаил

Типовое решение этой проблемы -- накапливать данные у себя и обрабатывать, когда накоплено столько, сколько нужно. Совсем тупая реализация на С:

char *buf;
size_t buf_sz;
...
BOOL CALLBACK DuffRecording(HRECORD hangle, const void *buffer, DWORD lenght, void *user)
{
  buf = realloc(buf, buf_sz + length);
  memcpy(buf + buf_sz, buffer, lenght);
  buf_sz += length;
  return TRUE;
}

// эту функцию нужно вызывать когда есть новые данные,
// например, после каждого вызова DuffRecording
void chunk_handler(void)
{
  size_t offset = 0;
  while (buf_sz >= offset + CHUNK_SIZE) {
    do_something_with_data(buf + offset);
    offset += CHUNK_SIZE;
  }
  if (offset) {
    memmove(buf, buf + offset, buf_sz - offset);
    buf_sz -= offset;
  }
}

// эта функция будет вызвана с p указывающим на буфер длиной CHUNK_SIZE
void do_something_with_data(void *p)
{
  ...
}

Дык и стройте график в char, в чем проблема, зачем преобразовывать?

Можно просто в цикле пробежаться:

std::vector<char> data = get_data();
std::vector<int> data2plot;
for (int i  = 0; i < data.size() / 2; ++i)
{
	int hi = data[2 * i];
	int lo = data[2 * i + 1];
	data2plot.push_back((hi << 8) | lo);
}
plot(data2plot);

Экспериментировал с ДПФ, прогоняя через него сигнал. Брал по 1024 выборки и прогонял прямое+обратное. Сигнал восстанавливается, однако, на стыках происходит скачок, таким образом каждое окно отделяется щелчком, итого в полученном сигнале слышно постоянное щелканье.
Очень интересно, каким образом стыковать границы, чтобы избежать искажений?