mmib

Как державший в руках обе железки habrahabr.ru/blogs/ebooks/105400/ скажу Kindle
Преимущества Киндла:
1) Легче, для меня очень важно
2) Намного дольше живет от одного заряда, критично на отдыхе
3) Лучше экран
4) Дешевле

Что бы быть объективным, преимущества Нука:
1) Цветной экранчик для навигации, правда откликом он меня не порадовал
2) Андроид со всеми вытекающими. Если хотите написать что то свое, это может быть решающим фактором при выборе

DJVU — это просто картинка, иногда с текстовым индексом для поиска. PDF в некоторых случаях тоже набор картинок. С подобными фалами всегда будут проблемы и нормально читать на устройстве такого размера не поможет ни одна прошивка/конвертер. Поскольку всегда нужно отобразить весь или кусок изображения. Ни о каких изменениях шрифта, выравниванию текста и т.д. здесь и речи быть не может.