Все намного проще: в Lion были переделаны рабочие и столы и система научилась их переставлять в зависимости от частоты использования, эта опция включена по-умолчанию, но еще можно отключить: System Preferences -> Mission Contol -> [ ] Automatically rearrange spaces based on most recent use, тогда столы всегда будут в том порядке — как вы их выстроили.
