Лучше не парсить письма прямо в /var/spool/mail а просто из скрипта получать их как пользователь. Тогда они будут корректно отдаваться, помечаться прочитанными, можно будет даже удалять ненужные и собирать нужные. Самостоятельно делать парсер базы писем в /var более громоздкий вариант.