у вас параметры от nginx не передаются в php-fpm
проверьте что записи вида
fastcgi_param GEOIP_COUNTRY_CODE $geoip_country_code;
лежат в нужной секции location - перед fastcgi_pass ***ваш-апстрим***
Да, Вы правы. Я очень глупо ответил.
Я имел ввиду - есть ли ключи для полей по которым идет выборка? Можно попробовать добавить для полей, идущих после ON и посмотреть через explain запроса - как поменяется скорость работы.