Функция file вернет массив строк, но вероятно в конце каждой будет перенос строки. И тут варианта два:
1. В одном из файлов нет переноса строки после последней строки
2. Типы переноса строки в конце последней строки - разные (windows/unix)
Проверьте эти гипотезы.
