Томкат это просот сервер сервлетов. на спринге ты пишешь приложение, которое запускается со встроенным веб серверов (вроде jetty), поэтому там не нужно поднимать отдельно веб сервер. Томкат удобен, если тебе нужно запустить несколько сервлетов, и хочешь чтобы они управлялись одним веб сервером. Не ну можно и один..
Для начала просто разберись как работает веб сервер. То есть базовый http (не html) а именно http, чтобы понимать что он делает, как работает, и уже потом как его использует джава.