Дело оказалось в том, что данный плагин не создает отдельную локаль для дефолтного языка (язык по дефолту в languages указывается первым, и в моем случае это русский).
Если создание отдельной локали принципиально, то ответы есть тут
https://github.com/kurtsson/jekyll-multiple-langua...
Самый простой способ: создать 2 одинаковых русских локали, одна из которых будет открываться на главной странице, а вторая при редиректе на /ru