Иногда с подобным сталкиваюсь, но не с майн логом, а немного другим, заметно становится, когда 1 класс вызывает очень частое и быстрое логирование через log4j, до сих пор не разобрался в чём проблема, лишь замечал что подобного рода сбои могут происходить чаще через cmd
