Как создать UI?

Спасибо, но на самом деле - это самая вершина айсберга. Если начать копаться в вопросе - есть множество нюансов, например если речь зайдёт о кроссплатформенности решения.

К примеру на данный момент на Swing можно сделать любые визуальные "плюшки" вместо стандартного окна, но только для Windows и Mac OS X - на других системах, в частности на популярной Ubuntu, возникнут проблемы с рендерингом таких окон системой, т.к. нативный оконный менеджер может не поддерживать некоторые необходимые режимы и будет либо крашиться, либо будет делать кошмарную попытку отображения того, что он не может отобразить.

Android, SimpleXML, ProGuard?

Собственно, к чему я говорил про yGuard — у ProGuard'a должны быть все те же самые настройки и даже более. Постараюсь ещё покопать — мы как-то тоже пробовали ProGuard, когда выбирали чем пользоваться (правда в итоге решили остановиться на yGuard) — вероятно остались тестовые билд-скрипты под ProGuard.

java перехват выделения

Кстати, даже такой широко распространённый функционал как глобальные хоткеи в системе (есть на всех известных ОС практически в одинаковой реализации) не присутствует в Java.

Буквально недавно добрый человек выкладывал свои наработки на эту тему — нативные реализации под несколько ОС. Это наилучшее что можно найти в таких случаях. Иногда и вовсе придётся отказаться от затеи или же взяться «голыми руками» за нативные вещи, что всегда напрягает.

Полупрозрачное окно на java которое игнорирует клики мышкой?

получается основного окна в принципе нет, только полупрозрачное окно и небольшой непрозрачный элемент чтоб его передвигать по рабочему столу

Это на самом деле мало о чём говорит (есть множество вариантов под данное описание).
Просто вопрос был к тому — действительно ли нужно такое окно, «пропускающее» события? Зачем конкретно оно? Уверен есть куда более удобные (и тем более корректные) альтернативы.