Если вам сконвертить во что то, то должно сработать просто:
flac --channels=2 --sample-rate=44100 --endian=little --bps=16 your_disk.iso -c > your_disk.flac (опции естественно не обязательно такие)
А если именно оригинал нужен, то есть cdemu, с помощью него монтируете диск и потом cdparanoia все сделает.
