Андрей Менский

Можете попробовать следующие варианты.

1. Выгружать пользовательский контент на AWS и сохранять в базу url.
2. Выгружать в локальную папку (к примеру /public) и так-же хранить url в базе.
К второму варианту предлагаю не использовать родные имена файла, чтобы избежать перезаписи на диске.
Можно сгенерировать по формуле: sha1(Date.now() + Math.random() + ORIGIN_FILE_NAME) + расширение файла.

Касательно структуры, если это контент главной страницы а не конкретного поста. Можете организовать коллекцию ключ - значение для конфигов. К примеру

db.site_configs.find()
{
    _id: "landing.slider",
    value: [
        { "title": "IMG 1", url: "http://.../image1.jpg" },
        { "title": "IMG 2", url: "http://.../image2.jpg" }
    ]
}

Если вопрос стоит так: Как удалить старые/неиспользуемые модули? Думаю метод деда сойдет - удаляем папку node_modules и запускаем npm i.

Ежели все куда серьезней и вам необходимо собрать именно те файлы которые вы используете? Следует воспользоваться сборщиками по типу gulp. Думаю эти модули помогут вам:
- gulp-inject
- gulp-useref