Решил вопрос оптимизацией архитектуры сайта и ускорением запросов.
Было несколько тяжелых запросов, которые забивали пул коннектов из-за медлительности. Один запрос не успел отработать, а на сервер уже лезут ещё десяток запросов, и всё это с полной прокачкой таблицы и записью в кеш mysql.