Arsen

Причем, что характерно, что нехватка какая-то крошечная и сохраняется при увеличении лимита даже вдвое от указанного.

Скрипт не может знать заранее предугать сколько ему памяти понадобится, а то что он пишет tried to allocate N bytes — так это всего лишь то что он пытался выделить память в конкретном месте под переменную и ему не хватило вот этих N байт. Так что число это чуть более чем бесполезно. Никакой полезной информации оно не несет.
Как получите «раскодированную версию» ковыряйте ее на вложенные циклы.

По крону дергайте скрипт. В самом скрипте необходимо забирать почту с вашего секретного сервера, хоть по imap хоть по pop3, и то и то пых умеет. Ну а дальше парсинг темы письма и содержимого на наличие плейсхолдеров. чтобы дважды не обрабатывать одно и тоже письмо либо в этом же скрипте удаляйте их сразу после обработки либо сохраняйте где нибудь в бд хеш обработанного письма

Была такая же проблема на одном из серверов — пол дня ломали голову пытаясь найти причину в конечном итоге бага была в том при сборке пыха указали какой то флаг который отвечает за работу file_get_contents. Дело в том что конструктор класса SoapClient внутри себя делает вызов аналогичный file_get_contents, ну а там где последний не работает не будет работать и соап.
Как вариант чтобы протестировать положите на какой нибудь удаленный хостинг и пропишите в new SoapClient('http://bla-bla.tld/some.wsdl') если через удаленный файл все работает значит проблема с file_get_content

Выше Vitek05 посоветовал очень хорошую книгу (авторов которой еще часто называют «бандой четырех»).
Также советую почитать Фаулер. Шаблоны корпоративных приложений.

Оно того стоит
Плюсы:
Чистый лаконичный код в моделях. Наглядность — сразу понятно какие поля, кто на кого ссылается и тд.
Новенькие быстрее «въедут в код» написанный с использованием AR. Малая стоимость внесения изменений в структуру БД.

Минусы:
Оверхед при использовании AR съедает время работы и оперативку.

Итог:
плюсов намного больше. Ну а про минусы — их можно минимизировать переписав критичные участки (коих будет не сильно много)
Если пишете систему с большим жизненным циклом то однозначно нужно использовать AR