Не работают скрипты bitrix при вызове catalog.element в модальном окне. Куда копать?

Сергей, достаточно вызвать в шаблоне CJSCore::Init(array("popup"));

COOKIE не выводятся в шаблоне битрикс?

Вы неверно указали код — если во второй переменной указанo false, то берётся префикс из настроек Главного модуля.