Решаю такую задачу путем генерации катлога по uinqueid в php (подойдет любой другой аналог) и дальнешим дроблением полученного значения на подкаталоги. Степень дробления определяется частотой добавления новых файлов. В итоге полученное решение приемлемо для любой актуальной файловой системы.
