Unity все равно при компиляции преобразует текстуры в свой формат, так что исходники могут быть в чем угодно.
Но лучше все-таки PNG32 — 1) честная 8-битная прозрачность, 2) отсутствие потерь, 3) небольшой вес.
В BMP можно назначить какой-то цвет «прозрачным» (например, если у вас изометрические тайлы, то в квадратном изображении 4 угла будут закрашены, например, сиреневым), но это должен поддерживать шейдер и это будет «однобитная» прозрачность, то есть с краями лесенкой.
