Андрей

но сегодня не смог загрузить файл на хостинг

каким образом загружали?

Однако вместо 644 он получил 666-права

за это отвечает umask

вместо моего пользователя username появилось другое имя username2.

вот прям так username2?

в панели ispmanager в разделе "Пользователи" отображается только один мой

он не отображает дефолтных юзерей.
подключитесь по ssh, и посмотрите ввывод
cat /etc/passwd
Под каким юзером раотает апач или кто там у Вас?

Вы хотите именно обновить действующий DC? Не делайте этого, "уроните" все.
На сколько я знаю возможна только миграция. Описание например тут habrahabr.ru/company/microsoft/blog/245667