Простите как мы вам можем помочь не упустить детали, если мы их сами не знаем.
+ вы не уточняете нативная разработка приложений или кроссплатформенная.
Организация разметила в сторы под своими аккаунтами? С трудом в это верится, но если это так, то боюсь, что без их участия вы уже не выкатите обновление.
Ну и если разработка нативная, за андроид могу сказать, что главное чтобы был у вас сертификат которым приложение подписывалось при сборке, для публикации в стор + данные по этому сертификату(алиасы, пароли). Ну и собственно java(если используется NDK c/c++) код с ресурсами типа картинок, строк и прочего.