На самом последнем stage (я думаю gradle это позволяет) тебе надо просто добавить еще один
шаг - очистка артифакта от Java9 modules. Я-бы это сделал в простом случае просто распаковкой
артифакта во временный фолдер. Удалением файлов модулей и упаковкой обратно.
Что то вроде.
jar x .... -d target/temp
find -type f -name module-info.class -delete
jar c ....
У тебя где-то идет преобразование из Unicode символов в символы кодировки cp1251 (только латиница и кириллица) и если попадается символ который ни то и не другое - то кодировщик не может его преобразовать. Решение - найти в конфигурации где у тебя идет использование cp1251 и заменить его на utf-8 или utf-16.
Linux быстрее создает процессы (fork()). Это особенно видно при работе с консольными тулзами. И с теми-же тулзами которые портированы под Windows к примеру. Это одна причина. И вторая - это файловая система. Linux/Ext4 обычно менее затратная в обслуживании огромного количества мелких операций чем Windows/NTFS. Например проверка атрибутов безопасности в Linux - это проверка битовой маски. В Windows - чуть больше действий.
Ко всему конечно могут быть и другие различия в имплементации java под Windows которых я не знаю.
