Когда работал в вымпелкоме, там тоже сайты в бд хранили шаблоны.
Сисадмины отвечали, что мол доступ к шаблонам из памяти быстрее и не идет лишних запросов к файлам на сервере. к хдд.
но мне кажется, все решается тупым кешированием, пусть даже в том же мускуле