Непрозрачность применяется ко всему слою целиком, ко всем эффектам этого слоя, а заливка отвечает только за прозрачность заливки (цвета, градиента). Например у нас есть прямоуголькник с градиентной заливкой и применена обводка ( stroke), так вот, если мы изменим непрозрачность до 0, то блок полностью станет прозрачным и обводка тоже. Но если изменить заливу, то прозрачной станет только градиентая заливка, а обводка останется видна.