maxism

возможно какой-то плагин ?

Никак. Вложенные объекты просто останутся вложенными объектами, по сути вы объявили контейнер для статических переменных.

function MyObject() {
}

MyObject.prototype = {
    sub: {},
}

var a = new MyObject(),
      b = new MyObject();

a.sub.test = 'foo';
b.sub.test === 'foo';

Собственно именно по этому инициализацию данных следует выполнять в конструкторе.

Проверяйте по частям, к примеру, закомментируйте выполнение запроса в MySQL, отработает ли скрипт? Если отработает сделайте вместо выполнения запроса, запись их в файл
Добавляйте по несколько много строк за раз
INSERT INTO `table` (`a`, `b`, `c`) VALUES (1, 1, 1), (2, 2, 2),… (n, n, n);
Отключайте индексы в начале добавления.

В MySQL есть LOAD DATA