mathkvant

Ну 512 мб мало как бы вообще для всего, поэтому добавить. Как вариант посмотрите:
ps aux --sort=-%mem
Отфильтруйте процессы, которые отожрали память, а дальше смотрите кому они принадлежат и как можно с оптимизировать.

Только снести и поставить с нуля

Я про geekbrains слышал много, но сказать ничего не могу. Я советую linuxacademy.com, правда там все на английском, но без него никуда.

Из платных: JIRA Service Desk c плагинами
Из бесплатных: Redmine, возможно там даже найдутся нужные вам плагины + сразу нанимать рубиста для костыляния сего творения.