забудьте про национальные символы в названиях файлов и каталогов, которые выкладываются на веб. Просто забудьте и называйте все латинскими символами.
А чтобы в консоли файлы назывались правильно - проверьте настройки фтп демона, например в proftpd есть перекодировка. Но я бы тоже советовал забыть ;)