Руслан Федосеев

наймите админа

обратитесь в ТП хостера.

bash alias и обычный терминал
в алиасах описываете свои хотелки,
дальше запускаете терминал и в нем набираете то, что вам нужно

телеграм бот работает через АПИ телеграмма. Которое из себя представляет обычный сайт https://api.telegram.bot
Ваш бот на чем написан?

наймите админа

chmod a+x на ваши скрипты сделайте.
А то из шелла вы их через sh script запускаете, а в кроне почему то нет.

Вы или крестик оденьте, или...

В вашем случае - service iptables panic

ЗЫ. Сначала прочитайте, что это такое, потом делайте...

ЗЗЫ. Возьмите хостинг с защитой от ДДОС, тот же https://vpshoster.ru например )

man sudo
до понимания

команда sudo и предназначена для того, чтобы не давать пользователю пароль рута, но при этом дать возможность выполнять некоторые операции от имени рута.
ЗЫ. То, что обычно все делают "sudo su - " - это уже второй вопрос ). Кстати да, рекомендую изучить, чем отличается
"sudo su" от "sudo su -"

Надо правильно настроить веб сервер.

Наймите админа.

scp - winscp

Но как уже сказали - отучить программистов так делать.
Пусть тестируют на тестовом сервере.

наймите админа

наймите админа
Судя по логу загрузки - нет корневой ФС. Как именно вы увеличили диск? В общем случае достаточно на выключенной vds увеличить размер диска в настройках. Уменьшать нельзя.

Проверьте диск, память. Память маловероятно, но если с диском все в порядке - то и ее стоит посмотреть.

man hier
даст описание основных каталогов

Я бы рекомендовал в /srv

Для начала -- поверьте инсталлятору и создайте все на ssd. Потом, создайте один (можно больше) разделов нв hdd и подмонтируйте к себе в home, и используйте для хранения чего нить большого и не системного.....

js скрипт на странице?

Процессов у вас там много. Залогиньтесь, посмотрите, что происходит.
LA не всегда обозначает, что серверу все )