запустить netflow, можно прям на этом сервере.
модуль ipt_netflow для iptables
Им собираем трафик, отдаем на коллектор, его можно поднять тут же с помощью flow-tools. Ну и потом отчет через flow-report. В манах есть даже нужный вам пример, насколько я помню.