Такая же самая ситуация.Только 6 доменов из почты для Яндекса на автомате перенеслись,причём каждый домен как отдельная организация и имеет какого то своего виртуального администратора,так как доступа к этому не имею ни откуда и за два месяца просмотрел всё что можно и инструкции от яндекса и от пользователей.
Переписка с яндекс коннект не принесла успехов,так как отвечают раз в неделю а то и вовсе забывают.
В итоге даже им написал свой способ удаления доменов.
Создаём ненужный бесплатный домен в зоне ml Создаём нужное количество поддоменов (зависит от проблемных доменов в коннекте),и привязываем к каждому домену в коннекте по бесплатному поддомену (требуется только метатег для подтверждения владением поддоменом, записи можно не настраивать).
После добавления появляется кнопка назначить поддомен основным, а ваш реальный домен можно будет удалить.
В общем я не знаю,баг с переносом на автомате или что это,яндексу писал об этом.
