Не пушится в массив?

Ну смотри,в чем проблема? Потому что у тебя массив каждый раз перезаписывается, значит нужно сделать так, вынести массив уровнем выше, чтобы избежать перезаписывания

Почему текст echo выводиться несколько раз, а не один?

global $USER;
      $arGroupAvalaible = array(1590,1591, 1592, 1593); 
      $curUserId = $USER->GetID(); // ID текущего пользователя
      $arGroups = CUser::GetUserGroup($curUserId); // ID групп текущего пользователя
$message = '';
      foreach ($arGroups as $curUserGroups) {
        $rsGroup = CGroup::GetByID($curUserGroups); // Получаем названия всех групп
        $arGroup = $rsGroup->Fetch();
        $result_intersect = array_intersect($arGroupAvalaible, $arGroup);
        if(!empty($result_intersect)) {
          $message =  "<div class='col-md-12 col-sm-12 col-xs-12 manager'>Ваш персональный менеджер "; print_r($arGroup['NAME']); echo "	</div>";
        
        }
        else {
          $message =  "Вам не назначен персональный менеджер.";
        }
         }
echo $message;

Почему текст echo выводиться несколько раз, а не один?

global $USER;
      $arGroupAvalaible = array(1590,1591, 1592, 1593); 
      $curUserId = $USER->GetID(); // ID текущего пользователя
      $arGroups = CUser::GetUserGroup($curUserId); // ID групп текущего пользователя
      foreach ($arGroups as $curUserGroups) {
        $rsGroup = CGroup::GetByID($curUserGroups); // Получаем названия всех групп
        $arGroup = $rsGroup->Fetch();
        $result_intersect = array_intersect($arGroupAvalaible, $arGroup);
        if(!empty($result_intersect)) {
          echo "<div class='col-md-12 col-sm-12 col-xs-12 manager'>Ваш персональный менеджер "; print_r($arGroup['NAME']); echo "	</div>";
        
        }
        else {
          echo "Вам не назначен персональный менеджер.";
break;
        }
         }

Как посчитать количество всех комментариев?

Mesuti, да что вы говорите?)
Так это в корне меняет решение, срочно буду переделывать..

Как настроить PhpMailer.php?

Если как вы утверждаете, приходит все, кроме текста сообщения, значит судя по всему текст сообщения просто не доходит до скрипта, проверьте на клиентской стороне, правильность