Никак не оплатить. Я понимаю, что вам выгодно взять к возмещению НДС, но нам с НДС-ом не имеет смысла работать вообще, работа вхолостую, а то и в минус однозначно. По этой причине ликвидировала свое предприятие на НДС-е. Если у вас много подобных заказов, то сэкономить только один вариант — открыть самому предприятие на упрощенке.
Если хотите сделать НДС к возмещению при расчетах с "Фрилансим", то "Фрилансим" должен быть плательщиком НДС, вопрос: а оно ему надо?