попробуйте вынести на свой сервер шаблон по которому обрабатываются скачанные с стороннего сайта данные, если это возможно. те не бинарный код, а инструкцию, по которой ваш бинарный код будет работать.
Далее просто в приложении включите проверку версии инструкции и ее обновление.
советы с загрузкой бинарного кода хороши, но вас забанят.
ps: как вариант, приложение может на вашем сайте проверять текущую версию и если она старая, просто тормозиться и говорить пользователю что работа не возможна, вендор изменил протокол, обновитесь
я так с мегафоном долго воевал
