manst

Проблему решил добавление атрибута [InverseProperty].
В итоге все выглядит так:

public class Message
    {
        public int Id { get; set; }
        public string Text { get; set; }
        public int CreatedById { get; set; }
        public int ? UpdatedById { get; set; }

        [InverseProperty("CreatedMessages")]
        [ForeignKey("CreatedById")]
        public virtual UserProfile CreatedBy { get; set; }

        [InverseProperty("UpdatedMessages")]
        [ForeignKey("UpdatedById")]
        public virtual UserProfile UpdatedBy {get;set;}
    }

    public class UserProfile
    {
        public int Id { get; set; }
        public string Name { get; set; }

        public virtual ICollection<Message> CreatedMessages {get;set;}
        public virtual ICollection<Message> UpdatedMessages {get;set;}
    }