У меня была похожая проблема, когда я писал свой софт для создания хоткеев на Python. В какие-то определенные моменты, у меня просто переставали отслеживаться хуки, не ясно почему. Я долго ковырялся с библиотеками и форумами, но никто ничего не знал.
Тогда я просто сделал перепривязку на другое сочетание клавиш и все заработало.

Тогда я подумал, что виноваты:
1. Либо сама система, блокирующая мои связки клавиш из-за установки своих.
2. Либо сторонний софт по работе с клавиатурой, коего на тот момент в системе была гора и маленькая тележка.
3. Либо экранная клавиатура, но мне ее отключение ничего не дало.

По итогу, я просто купил клаву с возможностью создания своих биндов через их фирменный софт, и перестал мучаться.

Тут мало полезной информации, но вдруг что поможет:
- Отключение экранной клавиатуры
- Простой личный софт для создания биндов (Python)
- Отдельная клава для биндов (система ее не тронет)