Люблю Шпроты

В общем, самый лучший и нормальный вариант, это создать файл и от него отталкиваться.

# run.py
from app import create_app

if __name__ == '__main__':
    app = create_app().run()

# app/__init__.py
from flask import Flask


def create_app():
    app = Flask(__name__)
    app.config.from_object('app.config')

    return app